Après des études d'histoire et d'archéologie à l'Université de Caen, Jean-Yves Marin, devint conservateur (1980) puis directeur (1998) du Musée de Normandie. Il est l'auteur de nombreux catalogues et articles sur la Normandie.
Depuis 2009, il occupe le poste de directeur des Musées d'Art et d'Histoire de la ville de Genève. Il est par ailleurs professeur associé de l'Université d'Alexandrie depuis 1994.
Depuis 2009, il occupe le poste de directeur des Musées d'Art et d'Histoire de la ville de Genève. Il est par ailleurs professeur associé de l'Université d'Alexandrie depuis 1994.